W dniu 29 września 2015 r. Trybunał Sprawiedliwości UE w sprawie sygn. C-276/14 wydał wyrok, doprecyzowany następnie przez Naczelny Sąd Administracyjny w uchwale z dnia 26 października 2015 r. sygn. akt I FPS 4/15, w którym wskazano, że samorządowe zakłady budżetowe oraz jednostki budżetowe nie mają odrębności podatkowej na gruncie przepisów o podatku VAT, a tym samy dokonywane przez nie czynności w zakresie VAT muszą być rozliczane przez jednostkę samorządu terytorialnego, która je utworzyła.
W związku z powyższym powstała potrzeba szczegółowego unormowania powyższych kwestii, co znalazło odbicie w projekcie ustawy o zasadach rozliczeń w podatku od towarów i usług oraz dokonywania zwrotu środków publicznych przeznaczonych na realizację projektów finansowanych z udziałem środków pochodzących z budżetu Unii Europejskiej lub od państw członkowskich Europejskiego Porozumienia o Wolnym Handlu przez jednostki samorządu Terytorialnego, który aktualnie został skierowany do uchwalenia przez Sejm.
Projektowany art. 3 ust. 1 powyższej ustawy stanowi, że jednostka samorządu terytorialnego jest obowiązana do rozliczania podatku wraz ze wszystkimi jednostkami organizacyjnymi, co oznacza, że jednostki organizacyjne nie będą mogły rozliczać się odrębnie z dniem wejścia w życie projektowanego przepisu, tj. z dniem 1 stycznia 2017 r. Jednakże przepis ten nie wyklucza możliwości podjęcia rozliczenia przez jednostkę samorządu terytorialnego wraz z jednostkami organizacyjnymi przed dniem 1 stycznia 2017 r. W związku z tym, do 31 grudnia 2016 r. rozliczenia dokonywane przez samorządy z wykorzystaniem obecnego modelu rozliczeń nie będą kwestionowane.
Natomiast od 1 stycznia 2017 r. scentralizowanie rozliczeń nastąpi „w przód”. Samorządy mogą jednak zadecydować o dokonaniu korekt rozliczeń, z uwzględnieniem modelu scentralizowanego, gdzie to już sama gmina rozlicza VAT jako podatnik. Samorządy będą musiały zadecydować, jaki okres objąć scentralizowanym modelem rozliczeń, składając korekty deklaracji podatkowych za wszystkie okresy rozliczeniowe, w których jednostki organizacyjne rozliczały odrębnie podatek, licząc od najwcześniejszego okresu rozliczeniowego, za jaki zostały złożone te korekty, do momentu wprowadzenia modelu scentralizowanego.
Jednakże projekt nie przewiduje możliwości sporządzania tzw. korekt wybiórczych, które dotyczyłyby jedynie wybranych przez dany samorząd okresów rozliczeniowych.
